Với người vợ đầu Maria xứ Amnia, Konstantinos VI có hai người con gái:

• Euphrosyne (790 – sau 836), người kết hôn với Hoàng đế Mikhael II
• Irene (789 – sau tháng 7, 796), sau trở thành một nữ tu

Với tình nhân của ông và sau đó là người vợ thứ hai Theodote, Konstantinos VI có hai người con trai, cả hai đều chết trẻ:

• Leo (7 tháng 10, 796 – 1 tháng 5, 797)
• Một người không rõ danh tính (sau khi mất 797/8 – giữa 802 và 808)